内航海運業は、大手オペレーターが元請事業者として機能し、中小のオペレーターやオーナーは元請け傘下として事業を行う業界構造が続いています。
代表的な契約には、定期用船契約（支配船）と一航海ごとの航海用船契約（トリップ船）の２種類があります。支配船は一定の費用で安定的に使用できる契約形態であるのに対し、トリップ船は輸送需要の変動に応じ柔軟に使用できますが支配船と比較して割高な費用となっています。
また、荷主とオペレーター、オペレーターとオーナーの関係はともに長期的であるため、内航運賃は需給動向に応じ変動するとは限らず、外航海運と比較すると運賃の変動が少なく収益が安定しています。